代谢途径是酶介导的生化反应，可导致细胞或组织中天然产物小分子的生物合成（合成代谢）或分解（分解代谢）。在每种途径中，酶催化底物转化为结构相似的产物。代谢过程通常会转化小分子，但也包括大分子过程，例如DNA修复和复制以及蛋白质合成和降解。代谢维持细胞和生物体的生存状态。 蛋白酶在整个生物体中用于各种代谢过程。蛋白酶控制着对生命至关重要的各种生理过程，包括免疫应答，细胞周期，细胞死亡，伤口愈合，食物消化以及蛋白质和细胞器的回收。根据蛋白酶活性位点中关键氨基酸的类型和肽键裂解的机制，蛋白酶可分为六类：半胱氨酸，丝氨酸，苏氨酸，谷氨酸，天冬氨酸蛋白酶以及基质金属蛋白酶。蛋白酶不仅可以在细胞凋亡过程中激活蛋白质（例如细胞因子），或者在许多修复蛋白中使它们失活，而且可以暴露出隐秘位点（例如在淀粉样前体蛋白加工过程中与β-分泌酶一起发生），脱落各种跨膜蛋白（例如在金属蛋白酶和细胞分裂过程中发生）。半胱氨酸蛋白酶，或将受体激动剂转化为拮抗剂，反之亦然，例如由金属蛋白酶，二肽基肽酶IV和某些组织蛋白酶进行的趋化因子转化。除催化结构域外，大量蛋白酶还包含许多其他结构域或模块，这些结构域或模块实质上增加了其功能的复杂性。 已经发现，代谢活动的失衡在许多病理学中是至关重要的，例如心血管疾病，炎症，癌症和神经退行性疾病。