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GelRed使用过程中的常见问题

Release Time:2022-03-01

GelRed 完美替代 溴化乙锭 (EtBr)
溴化乙锭 (EtBr) 一直是核酸染色的首选产品; 但是,您可能很清楚使用这种化学品所涉及的风险。BIOFOUNT 推出的一种更受欢迎、更安全的替代品是 GelRed。 如果您一直在对该产品或其他替代品进行任何类型的研究,本文将帮助回答您关于 GelRed 灵敏度、安全性、使用和故障排除的一些大问题。
GelRed 是一种高度敏感的荧光核酸染料,当被透照仪激发时会起作用。 GelRed旨在替代被认为具有致癌性和致突变性的 EtBr。 众所周知,GelRed@TM 非常敏感,无需脱色步骤。 为了让制造商确保其设计是安全的,GelRed@TM 进行了各种测试,结果表明它是无毒、无诱变性和无危险的,即使在非常高的浓度下也是如此。 GelRedTM 具有安全性更高、处置麻烦更少的优势,同时仍提供与 EtBr 功能相似的结果。
有了这些优点,缺点是什么? 好得令人难以置信吗? 为了回答这个问题,让我们看看人们在使用 GelRed@TM 之前或期间遇到的一些最常见的问题:
GelRed 是如何工作的?
与溴化乙锭一样,GelRedTM 是一种嵌入 DNA 的核酸染料。GelRed 仅通过嵌入结合。

当显示紫外光时,嵌入的 GelRed TM 会发出荧光,产生明亮的橙色光。 两种产品的光谱几乎相同; 然而,GelRedTM 被认为是比 EtBr 更安全的替代品,而且更敏感。 GelRedTM 的另一个好处是它能够与 dsDNA、ssDNA 和 RNA 一起工作,而对于 dsDNA,它的灵敏度是 ssDNA 和 RNA 的两倍。
如果 GelRed 是一种嵌入剂,为什么它没有与溴化乙锭相同的风险?

这真是一个好问题! 如果它仍然要直接与 DNA 结合,想知道它如何才能真正安全似乎是合乎逻辑的。 虽然 GelRed 和 EtBr 都嵌入 DNA,但 GelRed 的创建使其不会穿透细胞膜。 因为它不能穿透细胞膜,所以 GelRedTM 对活细胞没有毒性。
当 GelRed TM 和 GelGreen TM 被开发出来时,科学家们专注于创造一种具有三个主要特征的产品:它不能穿透乳胶手套,它不能穿透细胞膜,它会被代谢成化合物 与DNA几乎没有相互作用。
为确保 GelRed TM 和 GelGreen TM 实现这些目标,GelRed TM 和 GelGreen TM 使用手套穿透测试、Ames 测试、细胞渗透性和细胞毒性测试以及环境安全测试进行了测试。
GelRed溴化乙锭 相比如何?
为了回答这个问题,让我们以几种不同的方式将 GelRedTM 与 EtBr 进行比较:

※ 安全
※ 程序
※ 成本
※ 灵敏度
※ DNA迁移
下面的图表已经可以开始帮助可视化比较的各个方面。 众所周知,GelRed 使用起来比 EtBr 更安全,但它也具有相同(如果不是更好)的灵敏度,在易于处理方面表

GelRed 染色的最佳使用条件是什么?如何防止 DNA 条带模糊?我应该为 GelRed 使用什么过滤器?

确保优化程序的第一个重要方法是使用 GelRedTM 而非预制凝胶进行后染色。后染色将降低 GelRedTM 干扰 DNA 迁移的风险,并为您提供最佳灵敏度。如果您正在使用聚丙烯酰胺凝胶,请完全避免使用预制染色剂,因为不建议这样做。
如果您进行了预制染色并且条带变得模糊,您可以尝试一些方法来解决此问题:
将 DNA 上样量减少二分之一至三分之一(<400ng)。 GelRedTM 比溴化乙锭更敏感。拖尾条带通常是过载的结果,这通常在 DNA 梯中观察到。
切换到后染色而不是预制染色。
尝试倒入较低百分比的凝胶,尤其是在处理较大的片段时。
如果您使用的是 TAE 缓冲液,请尝试使用 TBE。 TBE 具有比 TAE 更高的缓冲能力。
为什么 GelRed 会改变 DNA 的迁移?

GelRedTM 影响 DNA 迁移的原因有很多。 请记住,所有核酸染料都会对 DNA 的移动方式产生一定的影响。 GelRedTM 是一种比 EtBr 重得多的染料,GelRed 对 DNA 的亲和力意味着凝胶中加载的 DNA 越多,GelRedTM 与 DNA 结合并扭曲该片段的运动的次数就越多。
一些防止或最小化 GelRedTM 对迁移影响的建议是: 将其用作后染色剂(我们对此再强调不过分)。 确保您的 GelRedTM 储备溶液已适当稀释。 您可能还需要减少您使用的 DNA 量,以尽量减少迁移干扰的影响。
GelRed 和 GelGreen 有什么区别?
第一个主要区别是每种产品的荧光。 如您所料,GelRedTM 会发出类似于溴化乙锭的红色荧光。 正如您所料,GelGreenTM 会发出与 SYBR® Green 非常相似的绿色荧光。 任何一种产品都可以与紫外线透射仪一起使用。
另一个区别是染色敏感性。 GelRedTM 是一种比 GelGreenTM 更敏感的染色剂(灵敏度大约是 GelGreenTM 的五倍),尤其是对于单链核酸。
在应用方面,GelRed与聚丙烯酰胺凝胶兼容,但不推荐用于 GelGreenTM。
最后,使用 GelGreen 的一个优点是它与蓝光透射仪的兼容性,如果您想避免紫外线照射,这将很有帮助
DMSO GelRed 和水性 GelRed 有什么区别?
我们提供 DMSO 或水中的 GelRedTM 和 GelGreenTM 产品。 但是,建议选择有助于防止使用中任何潜在危害的水配方,因为 DMSO 能够被皮肤吸收。 这两种选择仍然适用于长期使用 DMSO 配方的研究人员。
GelRed 是否与 ssDNA 和 RNA 兼容?它与Southern印迹兼容吗?

GelRedTM 绝对兼容单链 DNA 和 RNA。然而,它对双链 DNA 的灵敏度是其两倍。
对于 Southern 印迹应用,GelRedTM 是兼容的。但如果您进行印迹应用,强烈建议使用染色后方案。
GelRed 与哪些下游应用兼容?

GelRedTM 在结构上与溴化乙锭相似,并且与下游 DNA 应用兼容,包括限制性消化、连接、测序和克隆。 GelRedTM 还与氯化铯梯度兼容,可用于 Southern 印迹应用和 Comet 测定(单细胞凝胶电泳)。
GelRedTM 的另一个好处是它与紫外线透射仪兼容,无需更改设置;您可以使用 GelRedTM 的溴化乙锭过滤器。 SYBR® 和 GelStarTM 过滤器也与 GelRedTM 兼容。
如何解决 GelRed 的问题?
我们的 GelRedTM Nucleic Acid Gel Stain, 10,000X 实验方案包含大量故障排除信息,如果您遇到预制凝胶中的条带拖尾、预制凝胶中 DNA 迁移差异或荧光弱等问题,这些信息将特别有用。
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